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Multiscale Biomolecular Simulation

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Abbildung eines Proteins

Ziel der Research Group Multiscale Biomolecular Simulation es, die strukturellen und dynamischen molekularen Mechanismen genetischer Regulation in Computersimulationen quantitativ zu verstehen, wobei die Methodenentwicklung mit der Anwendung direkt verknüpft ist. Dazu werden verschiedene genetische Regulationssysteme untersucht, unter diesen Zwei-Komponenten-Signal-Transduktions-Systeme und regulatorische nicht-kodierende RNS wie Riboswitches oder das Gruppe-II-Intron. Die Herausforderung in diesen Simulationen besteht darin, ausreichend lange Zeitskalen unter Beibehaltung einer realistischen Beschreibung des Systems zu erreichen. Ein Fokus ist die Entwicklung und Anwendung neuartiger Rechenwerkzeuge in einem mehrskaligen Ansatz, in dem effiziente Suchtechniken auf einer vereinfachenden Beschreibungsebene mit rechentechnisch aufwändigeren detaillierten Modellen kombiniert werden. Letztendlich könnte das gesammelte Wissen dazu dienen, die genetische Regulation der untersuchten biomolekularen Systeme zu kontrollieren, und Anwendung in der synthetischen Biologie oder der Pharmazie finden.