Steinbuch Centre for Computing (SCC)
08.04.2020

Rechenressourcen des SCC unterstützen verteilte Proteinrechenprojekte

Ressourcen des Grid Computing Centre Karlsruhe und die HPC-Systeme des KIT unterstützen verteilte Rechenprojekte Folding@Home und Rosetta@home, mit deren Hilfe das Verständnis von Proteinen, u.a. des SARS-CoV-2 Virus, verbessert werden soll.

Das SCC stellt leistungsfähige Ressourcen für verteiltes Rechnen in der Proteinforschung bereit.

Seit Ende März unterstützen Rechner des Grid Computing Centre Karlsruhe (GridKa) und die HPC-Systeme des KIT die verteilten Rechenprojekte Folding∂Home und Rosetta∂home, um z.B. das Verständnis der Proteine des SARS-CoV-2 Virus zu verbessern.

In enger Zusammenarbeit mit dem Institut für Experimentelle Teilchenphysik (ETP) am KIT wurden die CPU-Ressourcen von GridKa in das Cobald/Tardis-System eingebunden, mit dem sonst die opportunistische Bereitstellung von Ressourcen für die Forschung in der Hochenergiephysik dynamisch verwaltet wird. Bis zu 10.000 logische CPU-Kerne von GridKa werden jetzt für die Covid-19-Forschung zur Verfügung gestellt.

Die Abteilung Scientific Computing and Simulation (SCS) hat kürzlich das neue HPC-System bwUniCluster 2.0+GFB-HPC in Betrieb genommen. Folding@Home konnte hier als nützliches Beispiel für einen sogenannten "Burn-in"-Prozess und die opportunistische Bereitstellung von Ressourcen, welche sonst aufgrund der in einem HPC-System nötigen Ablaufplanung zeitweise nicht genutzt würden, dienen. Neben den CPU-Ressourcen werden auch bis zu 132 energieeffiziente GPU-Beschleuniger des Typs NVIDIA Tesla V100 in die Berechnungen eingebunden.

Die Teams "KIT-ETP" mit GridKa und "KIT-SCS" belegt bereits Ränge unter den ersten 1000 der mehr als 250.000 Teams von Folding@Home.

Kurzfristig werden diese Ressourcen außerdem dem WeNMR-Projekt zur Verfügung gestellt. Über das dort betriebene HADDOCK-Portal können einzelne Forschungsgruppen nun auch GridKa-Ressourcen für Berechnungen zur Bekämpfung von Covid-19 in Anspruch nehmen.

 

Kontakt SCS: Jennifer Schröter
Kontakt GridKa: Andreas Petzold


Achim Grindler